ההבדל בין גידול הידרופוני לגידול אורגני בתערובות גידול אדמה מתבטא בכמה מישורים:
א. מכשור, בקרה וציוד: **בגידול הידרופוני יש צורך להשתמש במערכת אוסמוזה הפוכה על מנת לייצר מים נקיים ממינרלים.
כמו כן יש להשתמש במדדי חומציות (Ph) ומוליכות (Ec) בכדי לאזן את תמיסות ההשקיה. בגידול אורגני בתערובות אדמה רצוי להשתמש בציוד הנ"ל אם כי אין זה קריטי כשם הגידול הידרופוני.
**מומלץ להשתמש במערכות השקיה אוטומטיות על מנת לפטם את הצמח בצורה המקסימלית- רצוי להשקות את הצמח מספר פעמים ביום, שלא כמו באדמה אותה אנו משקים אחת ליום או יומיים.
**סוגי הדשנים שונה בין גידול כזה או אחר. לא מומלץ להשתמש בדשנים אורגנים כשמגדלים בשיטה ההידרופונית מכיוון שהדשנים הנ"ל סמיכים יחסית לדשנים המינרלים ויכולים לסתום את דרכי הגישה של המים (צינורות, טפטפות). את הדשנים האורגנים היינו משאירים למגדלים באדמה.
ב. ארומה: על טעם וריח אין על מה להתווכח… יש שיגידו שטעם וריח הפרי בגידול אורגני (תערובות אדמה) הוא ועצמתי בהרבה מגידול הידרופוני ויש שיטענו אחרת.
ג. פיטום הצמחים וזמן הגידול: מכיוון שגידול הידרופוני הוא גידול במים, הצמח אינו מתאמץ לחפש את התזונה המצויה במצע הגידול.
למעשה אנו מגישים לצמח אוכל לשורשים ולא נותנים לשורשים לחפש אוכל ובכך יכולת פיטום הצמח גבוה וזמן כל מחזור הגידול מהיר יותר (מדובר על ימים בודדים).
ד. הרצון  להתמקצע: כמו בכל תחום יש מקום לחובבנות ומקום למקצוענות, כך גם בתחום גידולי ה- InDoor מגדל בשיטה אורגנית הרוצה "לעלות כיתה" יעבור לשיטות גידול הידרופוניות שונות מגדל בשיטה ההידרופונית ישדרג את עצמו במערכת Co2 וכו' אך עם זאת יש מקום להתמקצעות בכל שיטה ושיטה בלי הצורך לעבור לשיטה כזו או אחרת:
**מגדל בשיטה האורגנית שהחל להשתמש במערכת אוסמוזה הפוכה ובמדדים שונים וכו'….
**שימוש בנורות לחץ גבוה במקום נורות פלורסנט
**השקיה אוטומטית במקום השקיה ידנית ועוד.